Οι μεταπτυχιακές σπουδές στο Τμήμα παρέχουν τη δυνατότητα απόκτησης:
-
Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης μέσω των προσφερόμενων Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών και
-
Διδακτορικού διπλώματος μέσω του προγράμματος διδακτορικών σπουδών.
Από το ακαδημαϊκό έτος 2019-20 λειτουργεί στο Τμήμα το Π.Μ.Σ. «Επιστήμες της Αγωγής: Καινοτόµες Παιδαγωγικές Προσεγγίσεις σε Πολυπολιτισµικά Εκπαιδευτικά Περιβάλλοντα».
Στο Τμήμα λειτουργούν δύο Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) που δε δέχονται πλέον νέους εισακτέους:
-
Π.Μ.Σ. «Καινοτόµες Παιδαγωγικές Προσεγγίσεις σε Πολυπολιτισµικά Εκπαιδευτικά Περιβάλλοντα» (έναρξη το ακαδηµαϊκό έτος 2013-14 χωρίς να δέχεται πλέον νέους φοιτητές),
-
Π.Μ.Σ. «Εκπαίδευση για το Περιβάλλον και την Αειφορία» (έναρξη το ακαδημαϊκό έτος 2015-16 χωρίς να δέχεται πλέον νέους φοιτητές)
Από το ακαδημαϊκό έτος 2003-04 έως και το ακαδημαϊκό 2007-08 είχε λειτουργήσει στο Τμήμα το Διατμηματικό Διαπανεπιστημιακό Π.Μ.Σ. «Κοινωνικο-Πολιτισµική Εκπαίδευση και Κατάρτιση Εµψυχωτών».